Dans les années 1970 et 1980, toutes les dénominations religieuses étaient réunies au sein d’un groupe interconfessionnel. Cependant, la diversité des doctrines et des pratiques au sein de ce groupe, dirigé à l’époque par le président Henry HARRY de l’Église Méthodiste, rendait la cohabitation difficile entre les structures membres.
Motivé par l’idée de promouvoir une meilleure entente entre les Églises évangéliques partageant des doctrines similaires, un groupe d’acteurs clés, sous l’égide du président Gabriel DOKO de l’UEEB (Union des Églises Évangéliques du Bénin), a initié des consultations avec ses homologues des Eglise Evangelique des Assemblées de Dieu, des Églises Baptistes, de l’Assemblées des Disciples Christ, et d’autres dénominations.
Ces consultations ont abouti, en 1991, à une Assemblée constituante qui a officialisé la création de la Fédération des Églises et Missions Évangéliques du Bénin (FEMEB). Cette fédération a vu le jour sous la direction des présidents Charles Nahouan (EEAD) et Salomon Saka (UEEB). Elle fut structurée avec un bureau composé de sept membres pour assurer sa gouvernance.
